圣经首次提到约拿单时，以色列人的处境十分窘迫。当时非利士人抢掠以色列地，又禁止以色列人铸造武器，令他们无力保卫家园。

耶和华应许不离弃他的子民，约拿单对此深信不疑。约拿单在他父亲作王的早期便表明自己是个英勇的战士。有一次他率领一千个装备不佳的兵士攻下了非利士人驻在基比亚的防营。当时约拿单必然至少已有20岁，因为这乃是以色列兵士的最低年龄。

约拿单的目标是密抹隘口附近的非利士人前哨。为了上前哨，约拿单可能要“手脚并用”地爬上去。约拿单决定只带替他拿军器的侍卫前去。他对侍卫说：“或者耶和华为我们施展能力。因为耶和华使人得胜，不在乎人多人少。”

约拿单和侍卫二人求耶和华给他们一个凭证。他们会故意让前哨的士兵看见。如果非利士人说：“你们站住，等我们到你们那里去，”他们就不上非利士人那里去。但如果非利士人说：“你们上到我们这里来”，这就表示耶和华必把胜利赐给约拿单和侍卫。约拿单坚信上帝必支持他们，就打算上前哨跟非利士人作战。

非利士人一看见这两个以色列人，就喊叫说：“你们上到这里来，我们有一件事指示你们。”约拿单和拿军器的侍卫就上去，杀了敌军中大约二十人，前哨的士兵都吓得惊惶失措。也许，非利士人以为二人后头还有许多以色列的勇士。于是，“前哨的所有士兵都惊栗颤抖……大地也震动，上帝使敌军全都恐惧颤抖”。由于上帝使地大大震动，非利士人营中一片混乱，以致他们“用刀剑互相厮杀”。以色列军见敌方溃不成军，立时勇气大增。那些躲藏在山区和从前归顺非利士人的以色列人也加入战斗，“他们击杀非利士人，从密抹直到亚雅仑”。

约拿单扫罗王要士兵发咒起誓，谁不等到战争获胜就吃东西，谁就必受咒诅。约拿单对这事全不知情。他用杖头蘸在蜂巢里，尝了一点蜂蜜。蜂蜜使他重新得力，可以跟敌人作战到底。

扫罗得知约拿单吃过东西，就下令要处死他。约拿单面对死亡却毫无惧色。他说：“我在这里，甘愿受死！”可是民众对扫罗说：“约拿单在以色列行了这么大的拯救，怎能要他死呢？绝对不行！我们指着永活的耶和华发誓，连他的一根头发也不可落在地上，因为今天他跟上帝一同作战。”这样，民众就救赎了约拿单，使他不致丧命。

大概二十年后，非利士的巨人战士歌利亚来向以色列的军队骂阵，却被大卫所杀。虽然约拿单很可能比大卫年长20~30岁，但二人却有很多相似之处。约拿单在密抹英勇杀敌，大卫也显出同样的勇气。他们都坚信耶和华有能力施行拯救。尽管其他以色列人都畏缩不前，大卫却勇敢地迎战歌利亚。结果“约拿单的心和大卫的心就连在一起，约拿单爱大卫就像爱自己一样”。

扫罗因大卫的才干而视他为竞争对手，约拿单却没有丝毫嫉妒之心。相反，他跟大卫成为知己，并很可能从大家的密谈中，得知大卫已受上帝膏立，成为以色列国的候任君王。约拿单尊重上帝的决定。

当扫罗告诉儿子和臣仆他要杀死大卫时，约拿单随即告知大卫。约拿单力图说服扫罗不用惧怕大卫：事实上，大卫从没有得罪过王；他曾冒着生命危险迎战歌利亚。约拿单为这个蒙冤受屈的朋友恳切求情，结果平息了扫罗的怒气。可是不久，扫罗又对大卫动杀机，试图取大卫的性命，于是大卫不得不仓皇逃命。

约拿单没有舍弃大卫，他们相约会面，商量对策。约拿单忠于朋友，但仍希望继续忠于父亲。他对大卫说：“绝不可能！你一定不会死。”可是，大卫告诉约拿单：“我离死只差一步！”

约拿单和大卫想出一个方法来试探扫罗的意图。如果扫罗留意到大卫没有一同坐席，约拿单就告诉父亲，大卫恳求要回去和家人一起献年祭。要是扫罗发怒，就表明他有意加害大卫。临别前，约拿单祝福大卫，说：“愿耶和华与你同在，像以往与我父亲同在一样。”约拿单这番话间接承认大卫是未来的君王。接着，二人彼此发誓忠于对方，约拿单还跟大卫约定怎样把试探的结果通知他。

扫罗留意到大卫缺席，约拿单就解释大卫曾恳求他说：“如果你喜悦我，求你容我回去探望我哥哥。”约拿单坦言承认自己喜悦大卫，令扫罗愤怒若狂！扫罗辱骂约拿单，并喊叫说大卫会威胁到约拿单的王位。扫罗认为大卫是该死的，于是命令约拿单把大卫带到他那里来。约拿单反驳说：“为什么要处死大卫呢？他做了什么事呢？”扫罗怒火中烧，随即拿起矛掷向儿子。虽然约拿单能安然脱险，却因大卫的事心里很难过。

约拿单偷偷地跟大卫会面，要告诉他试探的结果。显然大卫以后再也不能踏足扫罗的王宫了。他们相对哭泣，彼此拥抱，接着大卫就躲藏起来。

约拿单最后一次见大卫时，大卫躲在“西弗旷野的何列沙”。那时约拿单鼓励大卫，说：“你必作以色列王，我也做你的宰相”。不久，扫罗和约拿单都在一场对抗非利士人的战争中死去。